Вы можете возмещать НДС по мере оплаты счетов-фактур, выставленных лизинговой компанией. По закону суммы НДС, которые уплачены при приобретении работ или услуг для осуществления операций, облагаемых НДС, подлежат возмещению (п. 2 ст. 171 НК РФ).
В данном случае вы приобретаете услуги по финансовой аренде, поэтому вправе засчитывать НДС сразу, не дожидаясь пока автомобиль будет введен в эксплуатацию. То обстоятельство, что основное средство находится на балансе лизингодателя, значения не имеет.